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Wichtigstes rechtliches Instrument zum Schutz der Fledermäuse ist die europäische Fauna-Flora-Habitat(FFH)-Richtlinie, auf deren Grundlage das europaweite Schutzgebietsnetz Natura 2000 entsteht. Besonders schützenswerten Arten wird dadurch ein Lebensraum gesichert. Die Vernetzung von- und der notwendige genetische Austausch zwischen Populationen in stark besiedelten und durch Infrastrukturen zerschnittenen Ländern wie Deutschland werden somit erst ermöglicht. Aktuell überprüft die EU-Kommission im Rahmen eines „Fitness Checks“ die Wirksamkeit der europäischen Naturschutzrichtlinien. Diese Überarbeitung der Richtlinien darf jedoch nicht zu einer Abschwächung dieser führen. Viele Beispiele zeigen, dass die Richtlinien der Schlüssel zum erfolgreichen Erhalt der biologischen Vielfalt sind, wenn sie konsequent umgesetzt werden. Der NABU fordert daher eine Naturschutzoffensive, damit die Richtlinien ihre Wirkung endlich voll entfalten können.